Mehrer Möglichkeiten. Teilweiße mit Vorsicht genießen!!!

sudo docker system prune -a -f

Remove all unused resources (containers, images, networks, build cache) 

Quelle: https://stackoverflow.com/questions/31712266/how-to-clean-up-docker-overlay-directory#46159681

docker builder prune

Soll angeblich nur overlay2 aufräumen.

Quelle: https://stackoverflow.com/questions/31712266/how-to-clean-up-docker-overlay-directory

Oder hier eine komplette Beschreibung.