Über das Paketmanagement werden die systemeigenen systemd-dateien unter /usr/lib/systemd/system installiert.

Anpassungen seitens des Administrator können unter /etc/systemd/system erfolgen.

Um die Dateien anzupassen gibt es die Befehle systemctl edit foo.service oder systemctl edit foo.timer und systemctl edit --full foo.timer.

Der Unterschied ist, dass bei systemctl edit --full eine Datei foo.timer in /etc/systemd/system als kopie von /usr/lib/systemd/system/foo.timer erstellt wird.
Bei systemctl edit foo.timer wird eine Datei /etc/systemd/system/foo.timer.d/override.conf erstellt. Darin lassen sich dann nur die gegenüber dem System-files geänderten Zeilen eintragen.

 Quelle: http://kreativgarten.bplaced.net/doku.php?id=systemd