Folgendes ausführen:

export WINEPREFIX=~/.wine; find $WINEPREFIX/drive_c/ -name "*.lnk" -exec wine winemenubuilder '{}' \;

kbuildsycoca4

Evtl. dann auch noch im kmenuedit: Bearbeiten -> Systemvoreinstellungen wieder herstellen.

Quellen:

http://wiki.winehq.org/winemenubuilder

https://forum.winehq.org/viewtopic.php?t=3769